苹果蠹蛾以幼虫蛀果为害, 取食果肉及种子, 有时果面仅留一小点伤疤, 多数果面虫孔累累, 幼虫入果后直接向果心蛀食。苹果被害后, 蛀孔外部逐渐有褐色虫粪排出, 堆积于果面上, 以丝连成串, 挂在蛀果孔之下,为害严重时造成大量落果, 早、中熟苹果落果较重, 晚熟苹果落果较轻; 梨被蛀后所排出的虫粪则为黑色, 并有果胶流出。

 
2006年苹果蠹蛾在额济纳旗危害梨树的情况